В 2002 году Виталий Пацюков стал главой отдела междисциплинарных программ в Государственном центре современного искусства (ГЦСИ). Отдел занимался проектами, в которых соединялись разные искусства, дисциплины, эпохи: музыка и кино, изобразительное искусство и наука, исторический авангард и работы современных авторов. Важной чертой куратора, как говорил Пацюков, является «периферийное зрение — фасеточный взгляд стрекозы». Такое расширенное видение определяло, несомненно, широкий круг его интересов.
Пацюков установил в ГЦСИ традицию фестивалей, таких как «PRIGOVfest», посвященный памяти поэта Дмитрия Пригова, «ДАДА 100», приуроченный к 100-летию дадаизма, фестиваль светового искусства «Пространство LUCIDA» и другие.